El Consejo Universitario es el órgano de dirección superior, de promoción, coordinación y ejecución de la Universidad, está integrado por:

• El Rector
• El Vice Rector Académico
• El Vice Rector Administrativo
• Los Decanos de las Facultades
• El Director de la Escuela de Post Grado
• El Tercio Estudiantil, integrado por alumnos elegidos de las diferentes facultades
• Delegado de Graduados, que a la fecha no tiene representación

Los representantes gremiales del SINDUC , SINTUC y la FUC asisten a este espacio de gobierno universitario en calidad de observadores, con voz pero sin voto, a nombre de los docentes, personal administrativo y estudiantes respectivamente.

Los representantes de los diferentes componentes del Consejo Universitario son los mismos que figuran en la composición de la Asamblea Universitaria.

El Consejo Universitario dentro de sus atribuciones realizó diferentes y múltiples acciones, señalando algunas de mayor importancia en la gestión y vida universitaria:

• Aprueba el Plan Operativo Institucional para cada año
• Aprueba el Plan Estratégico Institucional los períodos de ejecución
• Aprueba el Presupuesto Institucional de cada ño, así como autorizá diferentes contratos y resuelve todo lo pertinente a la economía de la Institución
• Ratifica los Planes de Estudios propuestos por las Facultades, Departamentos Académicos, Escuela de Post Grado y otras Unidades Académicas
• Otorgar distinciones honoríficas y reconocimientos a personalidades
• Aprobar el número de vacantes para el Concurso de Admisión I y II
• Confirir Títulos de Profesor Emérito y Honorario a varias personalidades del mundo académico nacional, a petición de varias facultades
• Confirir los Grados Académicos correspondientes
• Además, resuelve todos los asuntos que no están adscritos a las funciones particulares de alguna autoridad universitaria
• Asimismo, el Consejo Universitario hace cumplir todas las acciones encomendadas a las diferentes Comisiones Permanentes constituídas, sobre todo la de Control Interno