El Rector es la máxima autoridad de la Universidad, ejerce la dirección, el gobierno y gestión de la Universidad, desarrolla las líneas de actuación aprobadas por los órganos correspondientes y ejecuta sus acuerdos. Siendo el Estatuto Universitario el que  regula el procedimiento para su elección, la duración del mandato y sus atribuciones.

ELECCIÓN DEL SEÑOR RECTOR:

Conforme al Art. 177º del Estatuto Universitario son atribuciones del señor Rector:

1. El cumplimiento de las normas constitucionales sobre la Universidad; la Ley Nº 23733, el Estatuto Universitario, los Reglamentos y demás disposiciones de la Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco.
2. Presidir el Consejo Universitario y la Asamblea Universitaria y hacer cumplir sus acuerdos.
3. Convocar a la Asamblea Universitaria y el Consejo Universitario a reuniones ordinarias y extraordinarias.
4. Presentar al Consejo Universitario para su aprobación el Plan de Funcionamiento y Desarrollo de la Universidad, y ante la Asamblea Universitaria su memoria anual.
5. Refrendar los diplomas de grados académicos y títulos profesionales y de distinciones universitarias conferidas por el consejo Universitario a nombre de la Nación.
6. Expedir las cédulas de cesantía, jubilación y montepío del personal docente y administrativo de la Universidad.
7. Dirigir la actividad académica de la Universidad y su gestión administrativa, económica y financiera.
8. Presentar al Consejo Universitario el Presupuesto consolidado de la Universidad, propuesto por las Facultades y demás reparticiones.
9. Cumplir y hacer cumplir el Plan de Desarrollo y el Plan de Funcionamiento Anual de la Universidad, aprobados por la Asamblea Universitarias.
10. Proponer al Consejo Universitario la Constitución de las misiones consideradas en el Estatuto de la Universidad y de aquellas que sean necesarias.
11. Autorizar los gastos que debe efectuar la Universidad.
12. Autorizar los avisos y publicaciones de la Universidad.
13. Hacer cumplir las normas para el uso de la liberación de aduana, franquicia postal y otras establecidas por Ley.
14. Representar a la Universidad ante la Asamblea Nacional de Rectores, el Consejo Regional de Rectores, las Autoridades de la República y entidades Nacionales y Extranjeras.
15. Delegar funciones a los Vicerrectores para lograr una eficaz administración universitaria.
16. Proponer al Consejo Universitario el nombramiento del Secretario General de la Universidad.
17. Delegar funciones a los Decanos de las Facultades para los efectos de las graduaciones y titulaciones académicas.
18. Ejercer las funciones del Titular del Pliego Presupuestal.
19. Autorizar las convocatorias a concurso para proveer los cargos administrativos de la Universidad.
20. Sancionar al personal directivo, docente administrativo, de servicio y alumnado, de conformidad al Estatuto, disposiciones legales o reglamentos vigentes.
21. Conceder licencias al personal docente y administrativo y de servicio conforme a Ley.
22. Las demás que otorgue la Ley y el presente Estatuto.